Flotylla powstała 29 kwietnia 1965 roku. Trzon sił okrętowych flotylli stanowią okręty transportowo – minowe, trałowce, niszczyciele min oraz okręt dowodzenia siłami obrony przeciwminowej ORP „Kontradmirał Xawery Czernicki”.

Okręty stacjonują w Porcie Wojennym w Świnoujściu i Gdyni. W 8. Flotylli Obrony Wybrzeża służy blisko 2 tysiące marynarzy. Siły flotylli regularnie uczestniczą w ćwiczeniach krajowych oraz w międzynarodowych manewrach na Bałtyku.

Do zadań 8.FOW należy miedzy innymi: obrona polskich obszarów morskich oraz udział w obronie wybrzeża morskiego.

Siły brzegowe flotylli stanowią dwie specjalistyczne jednostki stacjonujące w Dziwnowie (8. Batalion Saperów, 8. Dywizjon Przeciwlotniczy).

Zabezpieczenie logistyczne działań flotylli realizuje świnoujska Komenda Portu Wojennego.

Flotyllą dowodzi komandor Krzysztof ZDONEK.